L'église byzantine de Faqra semble reposer contre le mur nord du temple d'Atargatis. On pense qu'elle a été construite au 5ème ou 6ème siècle. Le christianisme a été officiellement adopté au début du Ve siècle par l'État byzantin : la destruction des temples païens fut alors autorisée, et ces temples étaient parfois transformés en églises.
Le temple d'Atargatis était trop petit pour être adapté aux nouvelles fonctions religieuses ; c'est probablement la raison pour laquelle l'église byzantine a été annexée. Il a été construit sur un plan rectangulaire et il mesure environ 23,5 m sur 12,5 m. Les murs extérieurs de l'église sont principalement constitués de blocs de calcaire.
Les fondations de cette église ont été découvertes lors des travaux de fouilles effectués au début des années 60.
