La naissance de ce lieu saint suscite de nombreuses controverses. Le bâtiment était-il à l'origine une église des Croisés ? Est-il né mosquée ?
Le chercheur Abd al-Ghani al-Nabulsi a été le premier à faire le lien entre la mosquée Attar et une église. Il évoque une rumeur faisant état d'un marchand de parfums payant secrètement pour faire transformer l'église en mosquée (d'où le nom « Al-Attar », « le parfum »).
La mosquée se compose d'une salle de prière, d'un vestibule à l'est et d'un minaret. La salle de prière est rectangulaire et située longitudinalement du sud au nord, couverte d’une longue voûte. Le dôme présente une ouverture octogonale centrale, avec huit fenêtres placées dans des cadres doubles ; cette zone de transition repose sur quatre pendentifs simples, placés entre les zones voûtées. Au nord, à l'ouest et à l'est de la zone du dôme se trouvent les trois entrées de la mosquée.
